Në vitin 1997, u themelua FC Blau-Weiß Linz, i cili adoptoi traditat e klubit të zhdukur FC Linz, i cili për shkak të vështirësive financiare duhej të shpërbëhej përfundimisht, duke u bashkuar me rivalët e tyre prej kohësh LASK Linz.
Më 4 qershor 2023, Blau Weiß Linz siguroi titullin e Austriake 2. Liga në 2022–23 pasi mposhti Sturm Graz II 2–1 në ditën e fundit të ndeshjes 30 dhe u ngjit në Bundesliga Austriake për herë të parë në histori nga sezoni i ardhshëm 2023–24. (Ata gjithashtu siguruan titullin përsëri në 2020–21, por promovimi u refuzua pasi ata nuk aplikuan për një licencë të Bundesligës.)
