Në vitin 2021, klubi u formua nga Bashkia Elbasan pas mosmarrëveshjeve me biznesmenin Arben Laze, i cili ishte pronar i klubit të parë të futbollit KF Elbasani. Për shkak të falimentimit financiar, Elbasani ishte sekuestruar nga Drejtoria e Tatimeve në Elbasan. Kështu me iniciativën e tifozëve gjetën rrugën dhe me bashkëpunimin e Bashkisë Elbasan u krijua AF Elbasani.[1] Në sezonin 2021–2022 ata garuan në kategorinë e katërt të futbollit shqiptar, Kategoria e Tretë. Në sezonin e tyre të parë ata arritën vendin e parë, duke u ngjitur në Kategorinë e Dytë.[2] Në sezonin 2022–2023, AF Elbasani përfundoi i pari në Grupin B të Kategorisë së Dytë, i cili u ngjit për herë të parë në Kategorinë e Parë.[3] Në sezonin e tyre të parë, ata përfunduan në vendin e parë, u kurorëzuan kampionë dhe u promovuan në Kategoria Superiore.[4]
^"AF Elbasani" (në English). Sofascore. 4 maj 2022.{{cite web}}: Mirëmbajtja CS1: Datë e përkthyer automatikisht (lidhja) Mirëmbajtja CS1: Gjuhë e panjohur (lidhja)
