Jonida Maliqi filloi karrierën e saj të këngës në Festivalin e Këngës kur ishte 13 vjeç me këngën "Planeti i fëmijëve", në një duet me Aleksandër Rrapin.[3] Në vitin 1997 ajo kthehet në Festival me një tjetër duet, këtë herë me Kastriot Tushën, një këngë kushtuar Nënë Terezës. Karriera e saj solo filloi në vitin 1999, me këngën e saj "Do jetoj pa ty", duke fituar vendin e dytë në festival.
Maliqi është gjithashtu e njohur për portretizimin e Zhulietës në versionin shqiptar të muzikalit të njohur Romeo dhe Zhulieta, së bashku me Alban Skënderaj. Ajo ishte prezantuese në sezonin e katërt të Dancing with the Stars Albania, gjithashtu ka qenë pjesë e jurisë në sezonin e pestë të The Voice of Albania në 2016.[4]
